Premiere Proのトラックが消える問題
Adobe Premiereの制限により、Quicktureで使う生シーケンスには、タイムラインに配置する全てのクリップのトラックが含まれている必要があるよ。
例えば、クリップの元メディアにオーディオトラックが4つあるのに、そのうち3つを削除して1つだけをタイムラインに残した場合、編集中に問題が発生するよ。
問題のある生シーケンスの例だよ。青いビデオクリップにはタイムラインに含まれていないオーディオトラックが1つある。代わりに、緑色で表示されているブームマイクのwavファイルを使っている。

このように、タイムラインの最後に余計なオーディオクリップが出てきたり、部分的に同期がズレたりすることになるよ。

2つの回避策があります:
1) タイムラインの全クリップに対してすべてのトラックを挿入することを忘れずに ― それが仮トラックや空のトラックでもOKです。書き起こしたくない音声があれば、不要なトラックをミュートにできます。
上記シーケンスにすべてのオーディオトラックを戻した状態がこちら:

こうすると普通の編集になります ― トラックをミュートにした場合、そのままミュートのままです:

2) または、シーケンス全体を別のシーケンスに入れて(シーケンスを入れ子にして)、そのままQuicktureで書き起こしします。